Je to ten veľký šéf čo všetko riadi, väčšinou však cez výkonného riaditeľa – hypofýzu. Je to spodná časť medzimozgu, áno je v hlave a teda je veľmi dôležitý, je na hornom poschodí medzi najvyššími šéfmi, hypotalamus je ako keby v správnej rade firmy (limbický systém – súčasť centrálnej nervovej sústavy) a riadi ho parasympatický a sympatický nervový systém, to je ten čo spôsobuje, že ste nabudený, alebo v útlme…, je niečo ako sprostredkovateľ nervového systému.

Hypotalamus zbiera informácie z koncentrácii živín, elektrolytov, hormónov v krvi, z osmolarity krvi, zo senzorických systémov (ako čuch), z bolesti, z depresie….. a na základe toho reaguje a dáva príkazy.

Jeho úlohou je hlavne to, aby všetky tie ostatné žľazy tak nejako ťahali za jeden povraz a pracovali spoločne na jednom cieli.

Hypotalamus vylučuje tieto hormóny:

• Tyreotropín stimulujúci hormón (TRH)
• Kortikotropín stimulujúci hormón (CRH)
• Somatotropin stimulujúci hormón (GHRH)
• Somatostatín – Somatotropíninhibujúci hormón (Somatostatín, GHIH)
• Gonadotropín stimulujúci hormón (GnRH)
• Dopamín – Prolaktíninhibujúci hormón (PIH)

Na podnet nervovej sústavy, ale aj iných spätnoväzbavých mechanizmov spúšťa hypotalamus sekréciu hormónov, takzvaných neurohormónov, ktoré spúšťajú a zastavujú sekréciu hypofýzy, sú spolu veľmi úzko previazané tieto dve žľazy. Hypotalamus poväčšine len povie hypofýze napríklad: treba viacej ,,rasťáku´´ prostredníctvom somatotropín stimulujúcim hormónom (GHRH) a hypofýza ho vyrobí.